Hypatia được mô tả như một thiên tài toàn diện,[107] nhưng bà có lẽ thiên về là một người thầy và nhà phê bình nhiều hơn là một nhà cải cách.[108][109][20][110] Không có bằng chứng nào cho thấy Hypatia từng công bố bất kỳ công trình độc lập nào về triết học[111] và bà dường như không thực hiện bất kỳ phát hiện toán học đột phá nào.[108][109][20][110] Trong thời kỳ của Hypatia, các học giả bảo tồn các tác phẩm toán học cổ điển và nhận xét về chúng để phát triển lập luận của họ, thay vì xuất bản các tác phẩm mới.[108][112][113] Điều này gợi ý rằng việc đóng cửa Mouseion và Serapeum bị phá hoại có thể khiến Hypatia và cha bà tập trung mọi nỗ lực vào việc bảo tồn sách toán học giúp chúng đến được với học trò của mình.[111] Suda cho rằng tất cả các tác phẩm của Hypatia đã bị mất,[114] nhưng các học giả hiện đại đã xác định được một số tác phẩm của bà còn tồn tại.[114] Hypatia viết bằng tiếng Hy Lạp, ngôn ngữ được sử dụng bởi hầu hết những người có học ở Đông Địa Trung Hải vào thời điểm đó.[23] Trong thời cổ đại, thiên văn học được xem như có bản chất là toán học,[115] và không có sự phân biệt giữa toán học và số học hay thiên văn học và chiêm tinh học.[115]

Hypatia được biết là đã biên tập ít nhất là quyển III của bộ Almagest của Ptolemy , [116] [117] [118] ủng hộ mô hình địa tâm của vũ trụ được thể hiện trong sơ đồ này. [119] [117]

Hypatia hiện được xác định là đã biên tập phiên bản hiện tại của cuốn III bộ Almagest của Ptolemy, và đóng góp cải tiến một số thuật toán cần thiết cho tính toán thiên văn.[116][117][118][119] Nhà cổ điển học Alan Cameron nói thêm rằng có thể Hypatia có thể đã biên tập không chỉ Quyển III mà là toàn bộ chín cuốn sách còn tồn tại của Almagest.[117]

Hypatia đã viết một bài bình luận về chuyên luận của Apollonius người Pergaeus về cách phân chia hình nón,[31] [120] [121] nhưng đã bị thất lạc. [120] [121]

Hypatia đã viết bình luận về bộ Arithmetica gồm mười ba tập của Diophantus (khoảng năm 250 sau Công nguyên),[31][122][17][123] với lời giải cho hơn 100 bài toán bằng phương pháp đại số.[124] Bà cũng đã viết bình luận về chuyên luận của Apollonius người Pergaeus về cách phân chia hình nón,[31][120][121] nhưng bài viết này hiện không còn tồn tại.[120][121] Bà cũng đã lập ra một "Bảng đo thiên văn "; đây có thể là một phiên bản mới của Bảng tiện dụng của Ptolemaios hoặc là nằm trong bình luận về Almagest đã nói ở trên.[125][126][127] Để bình luận về phần toán nâng cao của Apollonius hay lập bảng đo thiên văn yêu cầu phải có một trình độ toán học rất cao.[108] Vì thế, hầu hết các học giả ngày nay công nhận rằng Hypatia phải là một trong những nhà toán học hàng đầu thời đó.[108]

Hypatia được cho rằng có thể chế tạo được các máy đo độ cao thiên văn, [128] như chiếc được hiển thị ở trên có niên đại từ thế kỷ thứ mười một.

Một trong những lá thư của Synesius có chi tiết rằng Hypatia đã dạy ông chế tạo một chiếc thước trắc tinh bằng bạc để làm quà cho một vị quan chức.[128][49][129][130] Thước trắc tinh là một công cụ dùng để tính ngày và giờ dựa trên vị trí của các ngôi sao và hành tinh,[128][131][132] hoặc cũng có thể được sử dụng để dự đoán vị trí các ngôi sao và hành tinh vào bất kỳ ngày nào.[128][131][132] Nhiều người hiểu lầm từ lá thư của Synesius rằng Hypatia đã phát minh ra chiếc máy này,[34][133] nhưng trên thực tế, thước trắc tinh đã có mặt từ ít nhất 500 năm trước khi Hypatia ra đời.[133][128][49][134] Ngữ điệu của Synesius chỉ ra rằng Hypatia không phải người thiết kế hay chế tạo thước trắc tinh, mà đóng vai trò là người hướng dẫn và tư vấn giúp ông chế tạo nó.[16]

Trong một bức thư khác, Synesius thỉnh cầu Hypatia chế tạo giúp ông một "ống thủy văn", một thiết bị hiện được gọi là tỷ trọng kế, dùng để xác định mật độ hoặc trọng lượng riêng của chất lỏng.[133][135][129][136] Từ lá thư này, nhiều người cho rằng Hypatia đã phát minh ra tỷ trọng kế.[133][137] Tuy nhiên, chi tiết Synesius mô tả kĩ lưỡng công cụ này cho Hypatia cho thấy rằng ông nghĩ là bà chưa hề biết đến thiết bị này,[138][139] nhưng tin tưởng bà có thể phục dựng nó dựa qua lời mô tả.[138]

Tuy tên tuổi Hypatia thường được tác giả hiện đại gắn với nhiều phát minh khác nhau,[138] nhưng phần lớn trong số đó không có bằng chứng thực tế.[138] Booth kết luận: "Danh tiếng thời nay của Hypatia như một nhà triết học, nhà toán học, nhà thiên văn học và nhà phát minh cơ học, không phù hợp với số lượng chứng cứ còn sót lại về các công trình của bà. Hoặc có thể là do hiện nay chúng ta vẫn chưa thể tìm được đầy đủ các chứng cứ hợp lí."[137]